sábado, 31 de dezembro de 2011

Feliz Ano Novo!

Desejo a todos um ótimo 2012! :)

domingo, 25 de dezembro de 2011

Música sobre a termodinâmica metabólica

A música Yesterday, dos Beatles, foi usada pelo Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) para se criar uma canção sobre a termodinâmica do metabolismo celular. Aqui fica o resultado final...

http://www.mediafire.com/?2fqq9en6ujrktbn

The Cell's Lament

Instructor sings
Woe is me
My substrates are losing entropy
Causing gains in Gibbs free energy
Oh I can't lose no en - tro- py

Re-a-lly
I could use a source of enthalpy
To combat the rise in Delta G
Oh I believe in enthalpy


Everyone sings
I crave en-er-gy
Don't you see?
It's getting worse

My re-actions all
Soon will stall
And then rever-r-r-se

Instructor sings
ATP
It's the metabolic currency
Guess I'll spend a bit judiciously
To help reduce the Delta G
Help reduce the Delta G

sábado, 24 de dezembro de 2011

Feliz Natal!

Desejo a todos os visitantes do Mundo da Bioquímica, e aos seguidores em particular, um excelente Natal, com muita paz e alegria! :)

sexta-feira, 16 de dezembro de 2011

Grupo tiol

O grupo tiol, ou grupo sulfidrilo, ou grupo mercaptano, diz respeito ao grupo funcional –SH. O prefixo “tio” neste e nos restantes grupos funcionais significa que possui um átomo de enxofre em vez de um oxigénio (por exemplo, existem também os grupos tioéster e tioéter…). Neste caso, a terminação “ol”, diz-nos o que na realidade este grupo é, um grupo derivado de um álcool. Ou seja, em vez do grupo hidroxilo –OH, na realidade temos um enxofre em vez de um oxigénio. Uma diferença muito importante em relação aos grupos hidroxilo prende-se com o facto de os grupos tiol apresentarem um comportamento de ácido fraco.
Uma vez que possui enxofre na sua composição, a presença do grupo tiol confere frequentemente às moléculas um odor desagradável.

domingo, 11 de dezembro de 2011

Frase célebre (6)

"Age is an issue of mind over matter. If you don’t mind, it doesn’t matter." - Mark Twain

quinta-feira, 8 de dezembro de 2011

Música sobre a bioquímica (2)

Aqui fica mais uma música do Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) sobre a bioquímica, desta vez com o sugestivo nome Brain farts. :) Foi adaptada da Raindrops Keep Fallin' On My Head.

http://www.mediafire.com/?2zsrhqcgs2gkg2u

Brain Farts Just Happen In My Head
Brain farts just happen in my head
I think it might be due to something Kevin said
Bi-o-che-mis-try
Gets brain farts a poppin' in my head and they're poppin'
So I just wiped out the teardrops from my eyes
And told my brain it had to do some men-tal exer-cise
Burn some ATP
So brain farts can stop inside my head they'll be stoppin'
'Cause there's one thing I've learned
When energy increases it sure pleases
My mental state - I'm doing great as tension eases
Now brain farts don't happen in my head
So I'm sure the final will be easier instead
Cyclic AMP
Stops brain farts from poppin' in my head they're not poppin'
Thanks to caffeine
Nothin's worryin' me

quarta-feira, 7 de dezembro de 2011

domingo, 4 de dezembro de 2011

Grupo éter

O grupo funcional éter é caracterizado pela presença de um oxigénio partilhado por dois carbonos (podem ser grupos alquilo ou arilo). É, portanto, um grupo funcional que aparece numa posição interna nas moléculas. A sua fórmula geral é C1-O-C2. 
 O ângulo da ligação C-O-C apresenta uma amplitude de cerca de 104,5º, com uma distância de ligação de 140pm. O grupo éter é um grupo funcional polar, pois como o ângulo de ligação C-O-C não é de 180º, os dipolos da molécula não se anulam. Apesar de não poder funcionar como um dador de H nas ligações de hidrogénio, pode funcionar como um aceitador do mesmo.
Na bioquímica, os grupos éter estão presentes, por exemplo, nas ligações O-glicosídicas.

sábado, 3 de dezembro de 2011

Piadas científicas (13)

Ouviste falar da bióloga que teve gémeos?
Batizou um e guardou o outro como controlo.

quinta-feira, 1 de dezembro de 2011

quarta-feira, 30 de novembro de 2011

Música sobre a bioquímica

Aqui fica mais uma música de Natal (Oh Christmas tree) que foi utilizada pelo Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) para fazer uma canção diferente, desta vez sobre a Bioquímica.
Biochemistry/Biochemistry

Biochemistry Biochemistry
I wish that I were wiser
I feel I'm in way o'er my head
I need a new advisor

My courses really shouldn't be
Such metabolic misery
Biochemistry Biochemistry
I wish that I were wiser

Biochemistry Biochemistry
Reactions make me shiver
They're in my heart and in my lungs
They're even in my liver

I promise I would not complain
If I could store them in my brain
Biochemistry Biochemistry
I wish that I were wiser

Biochemistry Biochemistry
I'm truly in a panic
Your mechanisms murder me
I should have learned organic

For all I have to memorize
I ought to win the Nobel Prize.
Biochemistry Biochemistry
I wish that I were wiser

segunda-feira, 28 de novembro de 2011

sexta-feira, 25 de novembro de 2011

Grupo amida

O grupo amida é originado quando um grupo carboxílico reage com um grupo amina. É caracterizado pela presença de um carbono ligado a um oxigénio através de uma ligação dupla e a um azoto através de uma ligação simples.
Na realidade, apesar de essa ser a representação mais comum, o grupo amida exibe uma deslocalização electrónica que envolve os átomos de oxigénio, carbono e azoto. Ou seja, a ligação entre o carbono e o oxigénio é parcialmente dupla, o mesmo se verificando para a ligação entre o cabono e o azoto. Isso faz com que o grupo amida apresente uma conformação rígida, onde os 3 átomos referidos definem um plano.
O grupo amida pode estar localizado na extremidade de uma molécula, sendo que nesse caso o azoto se encontra ligado a 2 hidrogénios, ou então pode estar numa posição interna, fazendo com que o azoto esteja ligado a um hidrogénio e a um segundo carbono, ou a 2 carbonos diferentes.

Apesar de possuir azoto, o grupo amida não possui um comportamento alcalino significativo.
Na bioquímica o grupo amida surge em lugar de destaque porque é o grupo funcional existente nas ligações peptídicas.


Os grupos amida podem ser identificados por espectroscopia de infravermelhos (apresentam uma banda VCO a cerca de 1650 cm−1).

quinta-feira, 24 de novembro de 2011

quarta-feira, 23 de novembro de 2011

sábado, 19 de novembro de 2011

Música sobre o DNA

Quem é que não conhece a música YMCA? Aqui fica uma versão dela sobre o DNA, feita pelo Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html)... :)

http://www.mediafire.com/?v0lk6tqayxgjpcb



B-DNA

Phosphates
Are in nucleotides
I say phosphates
Cover bases inside
I say phosphates
Span the 5 and 3 primes
There's no need - to - be - all - mixed - up

Bases
Carry info you see
I say bases
Are all complement'ry
I say bases
Like A,T,G and C
They have got - to - be – all - paired - up

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
It's got everything
A polymerase needs
When you melt all the A's and T's

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
You can make RNAs
With a po-ly-mer-ase
Just by pairing up U's with A's

Proteins
Full of amino A's
I say proteins
Come from mRNAs
I say proteins
Require tRNAs
There is more – you - need - to – trans-late

Codons
Like our friend U-A-C
I say codons
Come in clusters of three
I say codons
Have one base wobble –ee
Now you can - go - forth - and - tran-slate

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
All those hydrogen Bs
And right-hand he-li-ces
Anti-par-a-llel fives and threes

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
All those hydrogen Bs
And right-hand he-li-ces
Anti-par-a-llel fives and threes

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
All those hydrogen Bs
And right-hand he-li-ces
Anti-par-a-llel fives and threes

quarta-feira, 16 de novembro de 2011

Grupo éster

O grupo éster é caracterizado por ser um grupo funcional interno, ou seja, não surge nas extremidades das moléculas. Apresenta dois átomos de oxigénio ligados ao mesmo carbono, um através de uma ligação dupla e outro através de uma ligação simples (R1-COO-R2). É um grupo polar neutro, ou seja, não apresenta propriedades ácidas ou básicas. Pode estabelecer ligações de hidrogénio, funcionando como um aceitador de H.


É formado através da reação de um grupo carboxílico com um grupo hidroxilo. De uma forma simples, surgem quando o hidrogénio do grupo hidroxilo é substituído por uma porção orgânica.
Podem ser identificados por espectroscopia de infravermelhos (apresentam uma banda entre 1730-1750 cm-1).

quarta-feira, 9 de novembro de 2011

Música sobre a fermentação (2)

Mais uma música de Natal (Rudolph the Red-Nosed Reindeer) que se transformou numa música sobre a bioquímica, desta vez sobre a fermentação. Obrigado Dr. Ahern
(www.davincipress.com/metabmelodies.html).

http://www.mediafire.com/?5afx4u8ed6uk80l

The Alcohol Song


Cells go through fermentation
When they’re out of NAD
Substrate phosphorylation’s
How they make their ATP

Cells are efficient makers ( . . .of)
Energy on which to live
With no electron takers
They need an alternative

Oh glycolysis would stop
Without NAD
Isn’t fermentation great?
For reducing pyruvate!

And if you might be thinking
“Man this isn’t cool at all”
Ask yourself when you’re drinking
“Where do we get alcohol?”

segunda-feira, 7 de novembro de 2011

sábado, 5 de novembro de 2011

Grupo amina

O grupo amina é caracterizado pela presença de um átomo de azoto com um par de electrões não ligantes. É derivado do amoníaco, onde um ou mais hidrogénios foram substituídos por outros átomos.
As aminas podem ser divididas em primárias, secundárias e terciárias. As primárias são aquelas em que apenas um dos 3 átomos de hidrogénio do amoníaco foi substituído por uma cadeia alquilo. As aminas secundárias apresentam duas cadeias alquilo e as terciárias três. As aminas secundárias e terciárias podem apresentar-se na forma linear ou na forma cíclica.



As aminas podem ser designadas de diferentes formas. Normalmente, utiliza-se o prefixo amino- (“aminoácido”, por exemplo) ou o sufixo –amina (“glucosamina”, por exemplo). Quando há uma substituição no grupo amina, utiliza-se o prefixo N- para designar esse substituinte.
As aminas podem estabelecer pontes de hidrogénio, pois possuem um átomo de H ligado a um átomo muito electronegativo (N, neste caso).
As aminas comportam-se como bases fracas, podendo captar um H+, devido à existência do par de electrões não ligantes no átomo de azoto. São o grupo funcional alcalino mais relevante na bioquímica.

quinta-feira, 3 de novembro de 2011

Música sobre a hemoglobina

O Natal já começa a aproximar-se e uma música de Natal bem conhecida (Santa Claus is Coming to Town) foi adaptada pelo Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) de forma a descrever o funcionamento da hemoglobina.


Hemoglobin's Moving Around
Oh isn't it great
What proteins can do
Especially ones that bind to O
Hemoglobin's moving around

Inside of the lungs
It picks up the bait
And changes itself from T to R state
Hemoglobin's moving around

The proto-porphyrin system
Its iron makes such a scene
Arising when an O binds
Pulling up on histidine

The binding occurs
Cooperatively
Thanks to changes qua-ter-nar-y
Hemoglobin's moving around

It exits the lungs
Engorged with O
In search of a working body tissue
Hemoglobin's moving around

The proton concentration
Is high and has a role
Between the alpha betas
It finds imidazole




To empty their loads
The globins decree
"We need to bind 2,3BPG"
Hemoglobin's moving around

The stage is thus set
For grabbing a few
Cellular dumps of CO
Hemoglobin's moving around

And then inside the lungs it
Discovers ox-y-gen
And dumps the CO off
To start all o'er agin

So see how this works
You better expect
To have to describe the Bohr effect
Hemoglobin's moving around

terça-feira, 1 de novembro de 2011

Frase célebre (3)

"A essência da vida é a improbabilidade estatística numa escala colossal." - Richard Dawkins.

quarta-feira, 26 de outubro de 2011

Grupo carboxílico

O grupo carboxílico é composto por 2 átomos de oxigénio ligados a um carbono, um através de uma ligação dupla e outro através de uma ligação simples. Este último está também ligado covalentemente a um átomo de hidrogénio (R-COOH). De uma forma simples, pode ser visto como um grupo funcional composto por um grupo carbonilo e um grupo hidroxilo.


O grupo carboxílico é o principal grupo acídico da química orgânica, podendo portanto perder um H+, originando um grupo carboxilato aniónico (R-COO-). Os iões carboxilato são estabilizados por ressonância electrónica, o que faz com o grupo carboxílico possa apresentar um comportamento acídico significativo. Os grupos carboxílicos são extremamente polares, podendo funcionar como dadores e aceitadores de H nas ligações de hidrogénio.
Na bioquímica, os grupos carboxílicos são por vezes removidos das biomoléculas, nas chamadas reacções de descarboxilação (são libertados sob a forma de CO2).
A presença de grupos carboxílicos nas moléculas pode ser detetada por espectroscopia de infravermelhos, apresentando uma vibração característica entre os 1680 e 1725 cm-1. Alternativamente, pode também ser identificado por ressonância magnética nuclear, aparecendo na região dos 10-13 ppm.

terça-feira, 25 de outubro de 2011

Frase célebre (2)

"As pessoas são a forma que o DNA tem de produzir mais DNA." - Edward O. Wilson.

domingo, 23 de outubro de 2011

Animação sobre ácido fraco

Aqui fica o link para o download de uma animação muito simples sobre o que acontece a um ácido fraco em solução.

http://www.mediafire.com/?lyrqabzcs6aywwu

quinta-feira, 20 de outubro de 2011

Curiosidades bioquímicas (5)

Para evitar cheiros no frigorífico deve colocar-se uma caixa de bicarbonato de sódio aberta. Ele absorve completamente todos os odores dos alimentos guardados.

segunda-feira, 17 de outubro de 2011

Grupo hidroxilo

O grupo hidroxilo é um grupo funcional caracterizado pela presença de um átomo de oxigénio ligado covalentemente a um átomo de hidrogénio (R-OH). É também chamado de grupo álcool, sendo que as moléculas que o contêm terminam com o sufixo “ol”. Na bioquímica, é um grupo particularmente importante porque funciona quer como dador quer como aceitador de H nas ligações de hidrogénio. Portanto, a sua presença nas biomoléculas aumenta o carácter hidrofílico e a hidrossolubilidade das mesmas.



É um grupo polar não carregado. No entanto, nalguns contextos bioquímicos pode funcionar como um ácido fraco, perdendo um H+. Este comportamento é particularmente importante no caso dos grupos hidroxilo fenólicos, ou seja, nos grupos hidroxilo ligados a anéis benzénicos. Como principal exemplo desta situação temos o aminoácido tirosina, que nalgumas proteínas pode apresentar um carácter ácido.

domingo, 16 de outubro de 2011

Música sobre a tradução proteica (2)

A música Maria do musical West Side Story serviu de inspiração ao Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) para esta música sobre a tradução proteica.


Translation

The most intricate thing I ever saw
From five prime to three prime, translation, translation
The final step that we know about the central dog-ma
Amino, carboxyl, translation, translation. . . .

Translation, translation, translation . .
Translation!
I just learned the steps of translation
And all the things they say
About tRNA
Are true

Translation!
To form peptide bonds in translation
The ribosomal cleft
Must bind to an E-F

tee-you!
Translation!
A-U-G binds the f-met's cargo
16S lines up Shine and Dalgarno

Translation
I'll never stop needing translation
The most intricate thing I ever saw
Translationnnnnnnnnnnnnnnnnn

quinta-feira, 13 de outubro de 2011