sexta-feira, 30 de setembro de 2011

Mapa metabólico sobre a síntese da leucina

quinta-feira, 29 de setembro de 2011

Piadas científicas (12)

Por que é que quando o Aladino esfregou a lâmpada, saiu cloro em gás de lá de dentro?
Porque ele disse: alô génio.

In a lecture of physiology...
"Who can tell me how these cells communicate with one another?" asked the instructor, expecting someone to explain the phenomenon of neurotransmission.
After a few muffled whispers, one student finally spoke up. "With cellular phones?"

quarta-feira, 28 de setembro de 2011

Grupos funcionais (generalidades)

Todas as substâncias têm propriedades que lhes conferem características físico-químicas específicas. Estou a falar de coisas simples como cor, sabor, cheiro, estado físico, solubilidade, etc.
Mas como é que essas diferentes características são explicadas ao nível molecular/atómico? O que é que faz com que uma substância seja líquida à temperatura ambiente e outra sólida, por exemplo? A resposta passa pela composição das moléculas. Mas não estou só a falar do tamanho, que, como é óbvio, é um parâmetro muito importante. Estou também a falar na presença de determinados átomos, e nas proporções relativas dos átomos que constituem a molécula... Características como cheiro, cor ou sabor, são uma consequência direta da composição atómica das moléculas. Mas outras características como, por exemplo, estado físico, ponto de ebulição e ponto de fusão estão também relacionadas com essa composição, ainda que nesse caso a relação seja mais indireta.
De uma maneira geral, as características de uma determinada substância dependem da presença de determinados grupos funcionais na mesma. E o que são grupos funcionais? Basicamente, são conjunto de átomos organizados em estruturas submoleculares que alteram as propriedades das substâncias. São eles que determinam as interações que as moléculas estabelecem com elas próprias e com moléculas vizinhas. Além disso, são eles os responsáveis pela reatividade das moléculas. Ou seja, um determinado grupo funcional reage sempre da mesma forma com outro (por exemplo, um grupo carboxílico origina sempre um éster quando reage com um álcool...), independentemente da restante composição da molécula onde está inserido. Ao mesmo tempo, é a presença dos grupos funcionais que vai tornar uma molécula mais ou menos reativa. Portanto, pode dizer-se que são os grupos funcionais que determinam a reatividade e os tipos de reações químicas que as moléculas podem sofrer.
Quando se fala em grupos funcionais, existe sempre alguma ambiguidade no que se deve considerar ou não como pertencendo a essa classe. Há autores que defendem que os grupos funcionais devem possuir pelo menos um átomo diferente de C e H (com excepção para o grupo fenilo), enquanto outros consideram também o grupo metilo, etilo, etc., como sendo igualmente grupos funcionais.
Em breve irei começar a colocar uns posts a detalhar os principais grupos funcionais...

sexta-feira, 23 de setembro de 2011

Música sobre os ácidos gordos

Esta música do Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) é sobre o papel dos ácidos gordos nas nossas células e tem por base a canção Halls of Montezuma.

http://www.mediafire.com/?2exx92e6264493c


Fatty Acids in Our Cells


From the fatty acids in our cells
To the lipids in our brains
We are made of biochemicals
Built in metabolic chains

Using glycolytic ATP
And electron energy
We can synthesize most everything
With the help of Delta G

A cell will tend to pump out sodium
But potassium it imports
It accomplishes this magic with
ATPase antiports

Our bilayer lipid membranes
Protect the cells' insides
Partly made of sphingolipids
We know as gangliosides

When it comes to regulation
The little cell has got it made
It phosphorylates a lot of things
With its own kinase cascade

Stimulated at a hormone site
Metabolic yang and yin
That's turned on by epinephrine
And turned off by insulin

quarta-feira, 21 de setembro de 2011

terça-feira, 20 de setembro de 2011

segunda-feira, 19 de setembro de 2011

Ciclo de Krebs (reações) - parte 2

Passo 5: conversão de succinil-CoA em succinato
Esta reacção requer Mg2+. A enzima que catalisa esta reação, succinil-CoA sintetase, quebra a ligação tioéster (S-CoA), libertando uma grande quantidade de energia que é utilizada para fosforilar o GDP em GTP. É mais um exemplo de um acoplamente energético.








Passo 6: oxidação de succinato a fumarato
O succinato é oxidado a fumarato, levando à produção de FADH2 a partir de FAD. A reação é catalisada pela succinato desidrogenase que é a única enzima do ciclo de Krebs que não está na matriz, mas sim fortemente associada à membrana interna da mitocôndria.










Passo 7: Hidratação de fumarato a malato
Esta enzima é altamente estéreo-específica, produzindo apenas o esteroisómero L-malato. A reação é reversível nas condições celulares.














Passo 8: oxidação do malato a oxaloacetato
Esta reacção produz uma molécula de NADH a partir de NAD+. Em condições intracelulares a reacção está bastante deslocada no sentido inverso, mas como o oxaloacetato é continuamente removido (pela reacção de síntese de citrato, pela gluconeogénese ou por transaminação para originar aspartato), o equilíbrio é deslocado no sentido directo. O oxaloacetato utilizado na primeira reação do ciclo de Krebs é então regenerado, pelo que teoricamente uma molécula de oxaloacetato pode estar envolvida na oxidação de um número infinito de moléculas de acetil-CoA (tem um papel “catalítico”) e, por isso, o oxaloacetato está presente nas células em concentrações muito baixas.

Principais fontes bibliográficas:
- Quintas A, Freire AP, Halpern MJ, Bioquímica - Organização Molecular da Vida, Lidel
- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers

domingo, 18 de setembro de 2011

Curiosidades bioquímicas (4)


O ferro de passar a roupa desliza mais facilmente sobre as roupas se se colocar um pouco de pasta dos dentes no fundo do ferro.

sábado, 17 de setembro de 2011

Jogo sobre química

Aqui fica o link para vários jogos de palavras-cruzadas sobre temas relacionados com a química...

Divirtam-se!

http://www.creative-chemistry.org.uk/funstuff/xword/index.htm

sexta-feira, 16 de setembro de 2011

Música sobre a fermentação

Eu gosto muito desta música do Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html)... :)
É sobre a fermentação e baseia-se na famosa Oh Susana!

Aqui fica o link para o download:
http://www.mediafire.com/?zhbfbz91u70ca10


Oh, late last night I went to jog
when everything was still
I came upon a gravel road
a-windin’ up the hill
I don’t know why I did it but
I played a game with death
Ran up that hill in double time
And held in all my breath

Fermentation!
I need some NAD+
my cells are lackin’ oxygen
But using ATP

‘bout half way up I felt the burn
My hip down to my knee
if only I had stayed awake
In biochemistry
then I’d have had a warning, but
regrets were just too late
I stood in pain - my body was
reducing pyruvate!

Fermentation!
I need some NAD+
my cells are lackin’ oxygen
But using ATP
Well up came my professor who
was trailin’ close behind
he told me how fermenting was
a process most unkind
Oh ATP is energy
It’s keeping you alive
It’s mostly made by protons mov- ing
through the complex five

Fermentation!
I need some NAD+
my cells are lackin’ oxygen
But using ATP

In making ATP a pro- ton gradient is key
to ADP’s phosphoryla- tion, oxidatively
Electrons pass through complex four
And oxygen, you know
picks up four more electrons and

Fermentation!
I need some NAD+
my cells are lackin’ oxygen
But using ATP

I hope that you can clearly see
Exactly what I meant
That oxygen is needed for
The proton gra-di-ent
your muscles work in overdrive
And use up ATP
you might be breathin’ hard but lack sufficient energy
Fermentation!
I need some NAD+
my cells are lackin’ oxygen
But using ATP

You’re in a heap o’ trouble and
this breath may be your last
if you can’t make some ATP
and NAD+ real fast
It’s lactate dehydrogenase
To save the day, you see
Turn pyruvate to lactate and
Produce more NAD+!

Fermentation!
I need some NAD+
my cells are lackin’ oxygen
But using ATP

The NAD+’s important,
Are You gettin’ all of this?
it gets fed back into the pathway
of glycolysis”
It hit my ear, it was so clear
and all made sense to me
Although I had no oxygen
I still made ATP

Fermentation!
I need some NAD+
my cells are lackin’ oxygen
But using ATP
For all he’d done I took my prof
to sit down for a drink
admitting that his lesson earlier
had made me think
I took a swig of ale
And grinning wide, I said with glee
Oh, fermentation hurts but all in all
It’s fine by me

Fermentation!
I need some NAD+
my cells are lackin’ oxygen
But using ATP
makes double H2O

Fermentation!

quarta-feira, 14 de setembro de 2011

terça-feira, 13 de setembro de 2011

Piadas científicas (11)

Por que se deve manter o silêncio absoluto nos laboratórios?
Para não desconcentrar os reagentes.

Qual é a diferença entre o pântano e o pantanal?
O pantanal tem oxigénio.

domingo, 11 de setembro de 2011

sexta-feira, 9 de setembro de 2011

Ciclo de Krebs (reações) - parte 1

Passo 1: fomação de citrato
Esta reacção irreversível é o 1º ponto de regulação do ciclo de Krebs. É uma reação em que o oxaloacetato se condensa com a acetil-CoA. Nesse processo forma-se um intermediário bastante energético (citroil-CoA) que rapidamente se converte em citrato. A molécula de CoA-SH libertada é reciclada para participar numa nova descarboxilação oxidativa do piruvato (catalisada pelo complexo piruvato desidrogenase).

Passo 2: formação de isocitrato via cis-aconitato
Esta reacção ocorre através da formação de um intermediário, o cis-aconitato, que se obtém por desidratação do citrato. Seguidamente, o cis-aconitato é hidratado formando-se isocitrato. Portanto, o citrato e o isocitrato são isómeros. Apesar desta reacção em condições celulares estar deslocada no sentido de produzir apenas cerca de 10% de isocitrato, o rápido consumo deste produto de reacção desloca a reacção no sentido directo. O fluoroacetato é uma molécula tóxica porque em condições fisiológicas converte-se em fluoroacetil-CoA, que se condensa com o oxaloacetato para formar fluorocitrato, o que inibe a aconitase, causando acumulação de citrato.







Passo 3: oxidação de isocitrato a α-cetoglutarato e CO2
Esta reação é um exemplo de uma descarboxilação oxidativa irreversível, sendo o 2º ponto de regulação do ciclo de Krebs. Na realidade, esta reação é um conjunto de 3 reações diferentes:
1. Desidrogenação do isocitrato, originando oxalosuccinato e produzindo-se NADH.
2. Ligação do Mn2+ ao grupo carbonilo do oxalosuccinato, estabilizando o enol e promovendo a libertação de CO2.
3. Hidrogenação, com arranjo do híbrido de ressonância.






Passo 4: oxidação de α-cetoglutarato a succinil-CoA e CO2
Esta reação, tal como a anterior, é outro exemplo de uma descarboxilação oxidativa irreversível. É o 3º (e último!) ponto de regulação do ciclo de Krebs. Esta reacção é virtualmente idêntica à descarboxilação oxidativa do piruvato, levando também à formação de NADH. É uma reação muito exergónica devido à energia armazenada na ligação S-CoA.




Principais fontes bibliográficas:
- Quintas A, Freire AP, Halpern MJ, Bioquímica - Organização Molecular da Vida, Lidel
- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers

quinta-feira, 8 de setembro de 2011

T-shirts científicas

Aqui fica um link de um site que vende inúmeras t-shirts científicas. Tem algumas bastante engraçadas... :)

http://yellowibis.spreadshirt.com/chem/p4

quarta-feira, 7 de setembro de 2011

Curiosidades bioquímicas (3)

Para deixar as lentes dos óculos a brilhar pode-se usar vinagre. Uma gota em cada lente é suficiente.

terça-feira, 6 de setembro de 2011

Música sobre enzimas

Aqui fica o link para o download de mais uma música do Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html), desta vez sobre enzimas. Foi feita com base na canção Downtown.

http://www.mediafire.com/?w0gd96oo6ecpymg


Enzymes
Reactions alone
Energy peaks
Are what an enzyme defeats
In its catalysis
Enzymes

Transition state
Is what an enzyme does great
And you should all know this
Enzymes

Catalytic action won't run wild - don't get hysteric
Cells can throttle pathways with an enzyme allosteric

You know it's true

So when an effector fits
It will just rearrange
all the sub-u-nits
Inside an
ENZYME!
Flipping from R to T
ENZYME!
Slow catalytically
ENZYME!
No change in Delta G
(Enzyme, enzyme)


You should relax
When seeking out the Vmax though
There are many steps
Enzymes

Lineweaver Burk
Can save a scientist work
With just two intercepts
Enzymes

Plotting all the data from kinetic exploration
Let's you match a line into a best fitting equation

Here's what you do

Both axes are inverted then
You can determine Vmax and
Establish Km for your ENZYMES!
Sterically holding tight
ENZYMES!
Substrates positioned right
ENZYMES!
Inside the active site
Enzymes (Enzymes, enzymes, enzymes)
Could starve your cells to the bone
Thank God we all produce
Enzymes

Units arrange
To make the chemicals change
Because you always use
Enzymes
Sometimes mechanisms run like they are at the races
Witness the Kcat of the carbonic anhydrases
How do they work?

Inside of the active site
It just grabs onto a substrate
and squeezes it tight
In an
ENZYME!
CAT-al-y-sis
In an ENZYME!
V versus S
In an
ENZYME!
All of this working for you
(Enzyme, enzyme)

segunda-feira, 5 de setembro de 2011

Jogo sobre o colesterol

O Pacman foi um dos jogos de maior sucesso quando a era dos jogos de computador se iniciou. Hoje descobri uma adaptação desse jogo à Bioquímica, mais concretamente, ao colesterol. :)

http://www.weightlossresources.co.uk/funandgames/cholesterol.htm

quinta-feira, 1 de setembro de 2011

Video sobre a respiração celular

Hey Soul Sister é uma música muito conhecida. A sua versão bioquímica é que nem por isso... :)